CloneMaster dokáže vyhledat duplicitní sobory zabírající místo na diskových jednotkách vašeho počítače, síťových discích, zálohovacích médiích, USB discích, CD/DVD discích, apod. Neporovnává soubory jen dle data, názvu nebo CRC, ale porovnává každý byte souboru. Vedle duplicitních souborů dokáže najít rovněž prázdné soubory (s nulovou velikostí) a složky.