Comodo Programs Manager umožňuje důkladnou odinstalaci nepotřebného software. Zaznamenává všechny změny prováděné při instalaci software tak, aby při jeho pozdější odinstalaci mohly být vše uvedeno do původního stavu. Při odinstalaci je rovněž vytváří zálohu souvisejících souborů a nastavení, což umožňuje snadnou obnovu software odinstalovaného omylem.