Cyberduck umožňuje snadný přenos souborů z/na různá vzdálená úložiště (FTP, SFTP, WebDAV, Amazon S3, Google Cloud Storage, Windows Azure, Rackspace Cloud Files, Google Docs) a jejich procházení. Podporuje rovněž správu účtů (nastavení ACL, správu verzí S3 bucketů, konfiguraci Akamai a CloudFront,…), vytváření záložek pro rychlý přístup k oblíbeným lokalitám, vzdálenou editaci souborů, synchronizaci adresářů, filtrování souborů a další.